Aena cobró carta de naturaleza de la mano del artículo 82 de la Ley 4 del año 1990 de Presupuestos Generales del Estado, constituyéndose efectivamente el 19 de junio de 1991. Desde ese momento, cuenta con personalidad jurídica propia y plena capacidad pública y privada para su gestión.
Esta simbiosis hace que Aena, para sus funciones públicas, se rija por la legislación pública y por el ordenamiento jurídico privado en todo lo relativo a sus relaciones patrimoniales y de contratación.
Las directrices de actuación del nuevo ente se fijaron por el Gobierno a través del entonces Ministerio de Transportes, Turismo y Comunicaciones, que encomendó las siguientes competencias
- Gestión de la red de aeropuertos españoles.
- Gestión de las instalaciones
- Red de ayuda a la navegación y control de la circulación aérea.
Desde sus inicios Aena ha realizado una amplia y completa modernización de las instalaciones de los aeropuertos españoles y de navegación aérea, situando nuestros aeropuertos a la cabeza de los países de nuestro entorno. La adecuación de las instalaciones aeroportuarias al Acuerdo Schengen supuso una total remodelación de las infraestructuras existentes, que se complementaron con las grandes obras de infraestructuras dirigidas a atender los eventos de 1992 -los Juegos Olímpicos de Barcelona y la Exposición Universal de Sevilla-, así como al construcción de las nuevas terminales de Málaga y Jerez.
A lo largo de los años noventa, Aena vivió un profundo cambio en sus estructuras de gestión, adecuándose a un nuevo modelo empresarial, al tiempo que se pusieron en marcha nuevos soportes de gestión operacional apoyados en la implantación de nuevas tecnologías
También es de reseñar la construcción y puesta en servicio de nuevos centros comerciales que pusieron de manifiesto el nuevo enfoque en la cultura de gestión aeroportuaria, acorde a las nuevas tendencias europeas.
Tras las mejoras de 1992, Aena afrontó una profunda remodelación de los aeropuertos de Palma de Mallorca y Adolfo Suárez Madrid-Barajas, a la que siguieron la práctica totalidad de los aeropuertos de la red que se vio incrementada con la apertura de los nuevos aeropuertos de La Gomera y León.
El inicio del nuevo siglo supuso la incorporación a la gestión de Aena de tres aeropuertos en Colombia y doce aeropuertos en México que conformaron la gran plataforma de Aena Internacional.
La finalización en los últimos años de las actuaciones del Plan Barajas, el Plan Barcelona y el Plan Málaga, han supuesto la mejora y ampliación de los tres aeropuertos más importantes del ámbito peninsular y han estado acompañados de la apertura al tráfico aéreo de los nuevos aeropuertos de Logroño, Albacete, Burgos, Huesca-Pirineos, y los helipuertos de Ceuta y Algeciras, configurando la red de aeropuertos más importante en el ámbito internacional.
Por acuerdo del Consejo de Ministros de 25 de febrero de 2011, se creó la sociedad mercantil Aena Aeropuertos, a la que se le atribuye el conjunto de funciones y obligaciones que la entidad pública empresarial Aena ejercía en materia de gestión y explotación de los servicios aeroportuarios.
Siguiendo con su política de internacionalización en el año 2013 Aena llevó a cabo la adquisición del 66% del capital de Aerocali, así como la adquisición de la empresa concesionaria del Aeropuerto de Luton, el quinto aeropuerto británico con 9,6 millones de pasajeros, con una participación de Aena del 51%.
Mediante el Real Decreto Ley 8, de 4 de julio de 2014 se produjo el cambio de denominación de la sociedad mercantil Aena Aeropuertos, S.A., que pasó a denominarse Aena, S.A (en abril de 2017 según lo dispuesto en la Ley 40/2015 de Régimen Jurídico del Sector Público que establece que en las sociedades mercantiles estatales debe figurar la abreviatura S.M.E., se adapta la denominación de la Sociedad a Aena S.M.E., S.A.)
Al unísono, y mediante la misma norma legislativa, la entidad pública empresarial Aeropuertos Españoles y Navegación Aérea, Aena, pasó a denominarse Enaire, ejerciendo exclusivamente las competencias en materia de navegación y espacio aéreo, además de la coordinación operativa nacional e internacional de la red nacional de gestión del tráfico aéreo.
