En la actualidad, es Vicepresidente Ejecutivo de Aena, S.M.E., S.A., Consejero Delegado de Aena Internacional, Presidente del Consejo de Aeroportos do Nordeste do Brasil S.A. (ANB), Presidente de Bloco de Onze Aeroportos do Brasil S.A. (BOAB) y Presidente de Aeroporto Internacional do Rio S.A. (AIR). Le reportan directamente la Dirección General de Aeropuertos, la Dirección General Comercial e Inmobiliaria, la Dirección de Innovación, Sostenibilidad y Experiencia al cliente, la Dirección de Tecnologías de la información y Digitalización y Aena Internacional, junto sus sociedades filiales y participadas.
Además de sus cargos en Aena, es miembro del Consejo Ejecutivo de ACI EUROPE (Airports Council Intenational), del Consejo de ACI World y del Consejo Territorial de Madrid del IESE, Alumni Association.
Desde su incorporación a Aena en 1991, ha ocupado diferentes cargos directivos. Ha sido Director General de Aeropuertos (2017-Feb. 2023), Director General de Aena S.A. (2014-2017), Director General de Aena Aeropuertos S.A. (2011-2014) y Director de Aeropuertos Españoles (2004-2011). También desempeñó anteriormente los cargos de Director General de Navegación Aérea, actualmente ENAIRE, y Director de Desarrollo Corporativo.
También ha sido Vicepresidente del Consejo de Administración de Centros Logísticos Aeroportuarios, S.A. (CLASA), miembro de los Consejos de Administración de Ingeniería y Economía del Transporte, S.A. (INECO), de London Luton Aiport Operations Limited (LLAOL), de las sociedades mexicanas Aeropuertos Mexicanos del Pacífico S.A.P.I. de CV (AMP) y Grupo Aeroportuario del Pacífico, S.A. de CV (GAP), de las sociedades colombianas Aeropuertos del Caribe, S.A. (ACSA), Sociedad Aeroportuaria de la Costa, S.A. (SACSA) y Aerocali, S.A. Asimismo, ha sido Presidente de ACI EUROPE.
Hasta su incorporación a Aena, trabajó en la Universidad Politécnica de Madrid, en la Dirección General de Aviación Civil, en el Centro Experimental de París de la Organización Eurocontrol y en Indra.
El 29 de octubre de 2020 fue nombrado Consejero Ejecutivo de Aena, S.M.E., S.A., y reelegido con fecha 9 de abril de 2025, siendo también nombrado en febrero de 2023 Vicepresidente Segundo del Consejo. Javier Marín posee 3.400 acciones de Aena.
