Im Jahr 1930 entstand die erste Initiative von Seiten des Stadtrats zum Bau eines Flughafens. Im Februar 1930 wird das Bauprojekt genehmigt. Die Bauarbeiten werden auf einem Gelände ca. sechs Kilometer südlich der Stadt, direkt neben der Ortschaft Noaín, auf der Straße von Madrid nach Pamplona aufgenommen.
Während des Bürgerkriegs wird der Flugplatz sporadisch von der nationalistischen Luftwaffe benutzt. Nach Beendigung des Krieges werden die Einrichtungen verlassen.
Im November 1965 wird die Einrichtung des königlichen Flugzeugclubs von Navarra mit Sitz in Noaín genehmigt. Im Jahr 1968 bewilligt das Spanische Luftministerium den Bau einer Start- und Landebahn mit einer Länge von 500 Metern. Die Bauarbeiten werden im folgenden Jahr begonnen und im selben Jahr wird der Flugplatz eingeweiht.
Am 5. Juli 1972 wird der zivile Flugverkehr für Passagiere am Flughafen Noaín aufgenommen. Er erhält die Einstufung in die dritte Kategorie. Am folgenden Tag weiht die Fluggesellschaft Aviaco eine regelmäßige Verbindung mit Madrid ein, die bis 1975 auf drei Flüge wöchentlich erweitert wird.
Im Februar 1975 beginnen die Bauarbeiten der Flugfeldbefeuerung. Im darauf folgenden Jahr wird ein Elektrizitätswerk gebaut.
Ende der 80iger Jahre wird ein ILS-System für Blindlandeverfahren am Startbahnkopf 16 installiert und gleichzeitig wird ein Projekt in die Tat umgesetzt, um den Flughafen von Pamplona mit Navigationshilfen am Start- und Landebahnkopf 34 auszustatten.
Im Oktober 1991 wird das Passagierabfertigungsgebäude teilweise abgerissen und mit dem Bau eines neuen 2.600 m2 großen Gebäudes begonnen. Dieses wird am 11. November 1992 eröffnet.
Im November 1993 nimmt die Erweiterung der Bebauung und der Parkplätze für den Publikumsverkehr ihren Anfang. Die Ausbauarbeiten erhöhen die Kapazität auf 340 Pkw-Parkplätze, 24 Plätze für Mietwagen und 6 Plätze für Busse.
In den Jahren zwischen 2005 und 2010 unternimmt Aena bedeutende finanzielle Anstrengungen mit dem Ziel, den Flughafen Pamplona mit geeigneten Einrichtungen auszustatten, um den Ansprüchen der Fluggesellschaften und der Passagiere nachkommen sowie einen hochwertigen Service anbieten zu können. Zu den Bauprojekten, die in diesem Zeitraum umgesetzt werden, gehören das neue Abfertigungsgebäude, einschließlich der Erweiterung des Flugmaschinenvorfeldes, der öffentlichen Parkplätze sowie des neue Towers. Ferner wurde 2010 die Start- und Landebahn um 200 m bis zu einer Gesamtlänge von 2.407 m verlängert. Auf diese Weise wurde dem Wunsch einiger Fluggesellschaften nachgegeben, die große Maschinen des Typs Boeing 737 mit voller Last und unter ungünstigen Temperatur- und Wetterbedingungen starten wollten.