En 1930, la mairie propose pour la première fois de construire un aéroport. En février 1930, le projet de construction est approuvé et les travaux commencent sur des terrains situés à six kilomètres au sud de la ville, près du village de Noaín, sur la route qui relie Madrid à Pampelune.
Pendant la Guerre civile, l'aéroport sera utilisé de façon sporadique par l'aviation des nationalistes. Après la guerre, les installations seront abandonnées.
En novembre 1965, la constitution du Real Aeroclub de Navarra est approuvée. Il établit son siège à Noaín. En 1968, le ministère de l'Aviation approuve la construction d'une piste d'envol de 500 mètres de long. Les travaux débutent l'année suivante. L'aéroport est inauguré la même année.
Le 5 juillet 1972, l'aéroport de Noaín s'ouvre au transport de passagers civils au niveau national. Il est classé aéroport de troisième catégorie. Le jour suivant, la compagnie Aviaco met en service une ligne régulière avec Madrid. En 1975, le trafic s'élève à trois vols par semaine.
En février 1975, les travaux de balisage de l'aéroport commencent. L'année suivante, la centrale électrique est construite.
À la fin des années quatre-vingt, un système d'atterrissage aux instruments ILS de CAT. I est mis en place en tête de ligne 16 et un projet est lancé permettant de doter l'Aéroport de Pampelune d'un système d'aide à la navigation en tête de ligne 34.
En octobre 1991, le terminal passagers est en partie démoli pour procéder à la construction d'un nouveau bâtiment de 2 600 mètres carrés. Ce dernier sera inauguré le 11 novembre 1992.
En novembre 1993, les installations sont agrandies, ainsi que le parking pour les véhicules d'accès public. Les travaux permettent d'élever la capacité jusqu'à 340 places pour les automobiles, 24 pour les véhicules de location et 6 pour les autobus.
De 2005 à 2010, Aena réalise un important investissement en vue de doter l'Aéroport de Pampelune des installations nécessaires pour répondre à la demande des compagnies aériennes et des passagers, ainsi que pour élever le niveau de qualité de ses services. Parmi les projets mis en œuvre à cette période, un nouveau terminal comprenant l'agrandissement de la plateforme des avions et des zones publiques de stationnement de véhicules, ainsi qu'une nouvelle tour de contrôle. En 2010, la piste est allongée de 200 mètres ; elle mesure actuellement 2 407 mètres, répondant ainsi à la demande de certaines compagnies afin de pouvoir y faire décoller des avions de type Boeing 737 à pleine charge et dans des conditions météorologiques défavorables (températures et humidité).
