En el año 1930 surge la primera iniciativa, por parte del Ayuntamiento, para construir un aeropuerto. En febrero de 1930 se aprueba el proyecto de construcción, por lo que se inician las obras en unos terrenos situados a seis kilómetros al sur de la ciudad, junto al pueblo de Noaín, en la carretera de Madrid a Pamplona.
Durante la guerra civil, el aeródromo va a ser utilizado esporádicamente por la aviación nacionalista. Una vez concluida la guerra, las instalaciones son abandonadas.
En noviembre de 1965 se aprueba la constitución del Real Aeroclub de Navarra con sede en Noaín. En 1968, el Ministerio del Aire aprueba la construcción de una pista de vuelo de 500 metros de longitud. Las obras se inician al año siguiente y, ese mismo año, se inaugura el aeródromo.
El 5 de julio de 1972 se abre al tráfico aéreo civil nacional de pasajeros el aeropuerto de Noaín y queda clasificado como de tercera categoría. Al día siguiente, la compañía Aviaco inaugura una línea regular con Madrid que alcanzará los tres vuelos semanales en 1975.
En febrero de 1975 se inician las obras de balizamiento del campo de vuelos. Al año siguiente, se realiza la construcción de la central eléctrica.
A finales de los años ochenta, se instala un sistema de aproximación instrumental ILS de CAT I en la cabecera 16 y se pone en marcha un proyecto para dotar al Aeropuerto de Pamplona de ayudas a la navegación por la cabecera 34.
En octubre de 1991 se lleva a cabo la demolición parcial del edificio terminal de pasajeros y se inicia la construcción de un nuevo edificio de 2.600 metros cuadrados de superficie, inaugurado el 11 de noviembre de 1992.
En noviembre de 1993 se inicia la ampliación de la urbanización y aparcamiento de vehículos de acceso público. Las obras aumentan la capacidad a 340 plazas para automóviles, 24 para vehículos de alquiler y 6 para autobuses.
En el período 2005-2010, Aena realiza un importante esfuerzo inversor con el objetivo de dotar al Aeropuerto de Pamplona de unas instalaciones adecuadas a los requerimientos de las compañías áereas y los pasajeros, así como conseguir un servicio de la máxima calidad. Entre los proyectos que se ponen en marcha en este período se encuentran el nuevo edificio terminal, que incluye la ampliación de la plataforma de aeronaves y del aparcamiento público de vehículos, y una nueva torre de control. Asimismo, en 2010, la pista aumenta su longitud en 200 metros con lo que pasa a medir 2.407 metros. Se satisfacía así la demanda de algunas compañías para poder despegar con aviones reactores, tipo Boeing 737, a plena carga y en condiciones desfavorables de temperatura y humedad.