Die Anfänge des Flughafens Menorca gehen zurück auf den Spanischen Bürgerkrieg und die Notwendigkeit, auf der Insel über einen Militärflugplatz zu verfügen. Im Sommer 1936 wurde mit der Planierung des Flugfelds begonnen. Am Ende des Bürgerkriegs im Jahre 1939 hatte die Start- und Landebahn eine Länge vom 850 m. Das erste Flugzeug, das hier landete, war ein Fiat-Doppeldecker-Jäger, der aus Palma de Mallorca kam.
In den 1940er Jahren wurde das Flugfeld sporadisch von ein paar Flugzeugen des Fliegerhorsts Son Sant Juan auf Mallorca sowie von havarierten Flugzeugen benutzt, die sich zur Landung auf der Piste von San Luis gezwungen sahen. Im Juli 1949 gab das Luftfahrtministerium den Flughafen San Luis komplett für Inland-Zivilluftverkehr frei und darüber hinaus für internationale Fremdenverkehrsflüge sowie technisch bedingte Zwischenlandungen des übrigen internationalen Flugverkehrs. Im August des gleichen Jahres wurde mit einem aus Barcelona kommenden Flug der Gesellschaft Aviaco die Linie Barcelona-Mahón eröffnet. In den ersten Jahren verkehrten auf dieser Linie Flugzeuge vom Typ Bristol 170.
1959 und 1961 wurde die Start- und Landebahn erweitert. Da die Fluggesellschaft Aviaco nun mit Flugzeugen vom Typ DC-4 flog, waren erneut Ausbaumaßnahmen erforderlich.
Im September 1965 wurde der Name offiziell von Flughafen San Luis in Flughafen Mahón geändert.
Das Anwachsen des Fremdenverkehrs, die Zunahme von Charterflügen sowie die Tatsache, dass die neuen Düsenflugzeuge längere Startbahnen benötigten, machte einen Flughafenneubau auf der Insel unbedingt nötig.
Der "Ausbauplan für Flughäfen und Flugrouten 1963-1967" beschäftigte sich ausführlich mit Menorca. Dieser Plan prognostizierte, dass die Einrichtungen des Flughafens San Luis den vorhergesehenen Verkehr bis 1967 bewältigen können würden. Ab 1968 jedoch wäre der Bau eines neuen Flughafens erforderlich, um mittelgroße Düsenflugzeuge abfertigen zu können. Das Anwachsen des Flugverkehrs und das sehr große Interesse der kommunalen Behörden führten dazu, dass mit den Bauarbeiten früher angefangen wurde als geplant: 1967 beginnt der Bau des neuen Flughafens. San Luis wurde dem Fliegerclub "Real Aeroclub de Mahón" überlassen, der sich seither um die Erhaltung und Wartung der Einrichtungen und der dort ansässigen Flugschule "Escuela de Pilotos y Aeromodelismo" kümmert.
Neuer Flughafen
Am 24. März 1969 wurde der neue Flughafen Menorca an seinem heutigen Ort mit einer Start- und Landebahn und einem Terminal eingeweiht. Die Eröffnung des neuen Flughafens bedeutete für den Fremdenverkehr auf der Insel einen regelrechten Durchbruch. Die Anzahl der auf dem Flughafen Menorca abgewickelten Passagiere verdoppelte sich innerhalb von nur zwei Jahren. Benutzten den alten Flugplatz San Luis 1968 noch 112.000 Reisende, so waren es 1970 auf dem neuen Flughafen bereits 239.000.
Das Anwachsen des Fremdenverkehrs während der 1970er Jahre zwang zu Verbesserungsarbeiten am Terminalgebäude. 1977 wurde der Bereich für internationale Flüge erweitert, was eine Abwicklung des Flugverkehrs ermöglichte, der 1979 dreimal so viele Passagiere verzeichnete wie 1970.
Während der 1980er Jahre stieg das Verkehrsaufkommen weiter an und erreichte 1986 die Anzahl von einer Million Fluggästen. Diese Zahl und die Wachstumsprognosen machten ein neues Terminal-Gebäude dringend nötig. Im Februar 1987 wurden die Bauarbeiten aufgenommen und in einer Rekordzeit von 14 Monaten abgeschlossen. Das neue Gebäude wurde im Mai 1988 in Betrieb genommen. Es verfügt über zwei Ebenen: Unten befinden sich der Ankunftsbereich und die Gepäckausgabe; oben sind der gemeinsame Check-in-Bereich sowie zwei getrennte Boardingbereiche untergebracht: Einer für Inlandflüge, der ganzjährig geöffnet ist, und ein Zweiter für internationale Flüge, der nur während der Hochsaison (von April bis Oktober) geöffnet ist.
Das Verkehrsaufkommen wuchs weiterhin an und erreichte 1994 die Marke von 2 Mio. Fluggästen. In diesem Jahr wurde auch die bisher letzte Erweiterung des Terminals durchgeführt, die hauptsächlich den Abflugbereich für internationale Flüge betraf. Außerdem wurden die Anzahl der Abfertigungsschalter erhöht und ein neuer Technikbereich eingerichtet, in dem sich unter anderem das Koordinationszentrum befindet.
