El començament de l'aeròdrom de Menorca el marca la guerra civil espanyola i la necessitat de comptar amb un camp d'aviació militar a l'illa. L'estiu de 1936 s'inicia l'obra d'esplanació del camp d'aviació. En acabar la guerra, al 1939, la pista disposa de 850 metres útils. El primer avió que hi aterra és un caça biplà Fiat, procedent de Palma de Mallorca.
Durant la dècada dels quaranta, utilitzen el camp de vol, de manera esporàdica, alguns avions de la base aèria de Son Sant Joan de Mallorca i altres aparells avariats que es veuen obligats a aterrar a la pista de Sant Lluís. El juliol de 1949, el Ministeri de l'Aire accedeix a obrir l'aeroport de Sant Lluís al trànsit aeri civil, nacional complet, internacional de turisme i escales tècniques del trànsit internacional. L'agost del mateix any, es realitza el vol inaugural de la companyia Aviaco procedent de Barcelona, amb el qual s'estableix la línia Barcelona-Maó, que durant els primers anys es fa amb aparells Bristol 170.
El 1959 i 1961 s'emprenen sengles ampliacions de la pista. La posada en servei, per part de la companyia Aviaco, dels DC-4, obliga a iniciar noves obres d'ampliació.
El setembre de 1965 es canvia oficialment la denominació d'aeroport de Sant Lluís per la de Maó.
El creixement del trànsit turístic i l'augment de vols xàrter, així com la circumstància que els avions reactors nous exigeixen pistes més llargues, fan que es plantegi la necessitat de construir un aeroport nou a l'illa.
El Pla General d'Aeroports i Rutes Aèries 1963-1967 afecta en gran mesura a Menorca. Aquest pla estima que fins 1967 les instal·lacions de l'aeroport de Sant Lluís poden atendre el trànsit previst, però que a partir de 1968 cal construir un aeroport nou per poder atendre els reactors de tipus mig. L'increment del trànsit aeri i l'interès enorme que demostren les autoritats locals donen com a resultat que les obres s'niciïn abans del previst i, així, el 1967 comença la construcció del nou aeroport. Sant Lluís es cedeix al Reial Aeroclub de Maó que des d'aleshores s'encarrega de la conservació i manteniment de les seves instal·lacions d'Escola de Pilots i Aeromodelisme.
Nou aeroport
El 24 de març de 1969 s'inaugura al seu emplaçament actual, el nou Aeroport de Menorca, amb una pista i un edifici terminal. L'obertura del nou aeroport va suposar la veritable engegada turística de l'illa. El nombre de passatgers que van passar per l'aeròdrom menorquí es va duplicar en només dos anys. Si al 1968, 112.000 viatgers van utilitzar l'antic aeròdrom de Sant Lluís, el 1970 van ser 239.000 els qui van passar per les noves instal·lacions.
El creixement turístic de la dècada de 1970 va obligar a realitzar obres de millora a l'edifici terminal. El 1977 es va ampliar la zona dedicada a trànsit internacional, la qual cosa va permetre absorbir el trànsit de l'aeroport, que el 1979 va triplicar el nombre de viatgers enregistrat el 1970.
Durant la dècada dels vuitanta el trànsit aeri va seguir augmentant i el 1986 es va assolir la xifra del milió de passatgers. Aquesta xifra i la previsió de creixement van obligar a plantejar la necessitat urgent de construir un edifici terminal nou. El febrer de 1987 es van iniciar les obres, que van concloure en el temps rècord de catorze mesos. L'edifici va entrar en servei el maig de 1988. Es diferencien en ell dos nivells: l'inferior, per a les arribades i recollida d'equipatges; i el superior, amb una àrea comuna de facturació i dues àrees d'embarcament, una per a vols nacionals que és oberta tot l'any i una altra per a vols internacionals que només és oberta durant la temporada alta (d'abril a octubre).
El trànsit aeri va seguir augmentant i el 1994 es van assolir els dos milions de passatgers. La darrera ampliació de l'edifici es va dur a terme aquell mateix any i va afectar sobretot la zona de sortides internacionals. També es van ampliar el nombre de taulells de facturació i es va crear una nova zona tècnica on hi ha, entre d'altres serveis, el Centre de Coordinació.
