El comienzo del aeródromo de Menorca viene marcado por la guerra civil española y la necesidad de contar con un campo de aviación militar en la isla. En el verano de 1936 se inicia la obra de explanación del campo de aviación. Al concluir la contienda en 1939, la pista dispone de 850 metros útiles. El primer avión en aterrizar es un caza biplano Fiat, procedente de Palma de Mallorca.
Durante la década de los cuarenta, hacen uso del campo de vuelos, de manera esporádica, algunos aviones de la base aérea de Son San Juan de Mallorca y otros aparatos averiados que se ven obligados a aterrizar en la pista de San Luis. En julio de 1949, el Ministerio del Aire accede a abrir el aeropuerto de San Luis al tráfico aéreo civil, nacional completo, internacional de turismo y escalas técnicas del tráfico internacional. En agosto del mismo año se realiza el vuelo inaugural de la compañía Aviaco procedente de Barcelona, con el que se establece la línea Barcelona-Mahón, que se cubre durante los primeros años con aparatos Bristol 170.
En 1959 y 1961 se acometen sendas ampliaciones de la pista. La puesta en servicio, por parte de la compañía Aviaco, de los DC-4 obliga a iniciar nuevas obras de ampliación.
En septiembre de 1965 se cambia oficialmente la denominación de aeropuerto de San Luis por la de Mahón.
El crecimiento del tráfico turístico y el aumento de vuelos chárter, así como la circunstancia de que los nuevos aviones reactores exigen pistas más largas, hace que se plantee la necesidad de construir un nuevo aeropuerto en la isla.
El Plan General de Aeropuertos y Rutas Aéreas 1963-1967 afecta en gran medida a Menorca. Este plan estima que hasta 1967 las instalaciones del aeropuerto de San Luis pueden atender el tráfico previsto, pero que a partir de 1968 es necesaria la construcción de un nuevo aeropuerto para poder atender a los reactores de tipo medio. El incremento del tráfico aéreo y el enorme interés que demuestran las autoridades locales dan como resultado que las obras se inicien antes de lo establecido y, así, en 1967 comienza la construcción del nuevo aeropuerto. San Luis es cedido al Real Aeroclub de Mahón que desde entonces se encarga de la conservación y mantenimiento de sus instalaciones de Escuela de Pilotos y Aeromodelismo.
Nuevo aeropuerto
El 24 de marzo de 1969 se inauguró, en su emplazamiento actual, el nuevo Aeropuerto de Menorca, con una pista y un edificio terminal. La apertura del nuevo aeropuerto supuso el verdadero despegue turístico de la isla. El número de pasajeros que pasaron por el aeródromo menorquín se duplicó en sólo dos años. Frente a los 112.000 viajeros que utilizaron el antiguo aeródromo de San Luis en 1968, serán 239.000 los que pasaron por las nuevas instalaciones en 1970.
El crecimiento turístico de la década de 1970 obligó a realizar obras de mejora en el edificio terminal. En 1977 se amplió la zona dedicada a tráfico internacional, lo que permitió absorber el tráfico del aeropuerto, que en 1979 triplicó el número de viajeros registrado en 1970.
Durante la década de los ochenta siguió aumentando el tráfico aéreo y en 1986 se alcanzó la cifra del millón de pasajeros. Dicha cifra y la previsión de crecimiento obligaron a plantear la necesidad urgente de construir un nuevo edificio terminal. En febrero de 1987 se iniciaron las obras, que concluyeron en un tiempo récord de catorce meses. El edificio entró en servicio en mayo de 1988. Se diferencian en él dos niveles: el inferior, para las llegadas y recogida de equipajes; y el superior, con un área común de facturación y dos áreas de embarque, una para vuelos nacionales que está abierta todo el año y otra para vuelos internacionales, abierta únicamente en temporada alta (de abril a octubre).
El tráfico aéreo siguió aumentado y en 1994 se alcanzaron los dos millones de pasajeros. La última ampliación del edificio se llevó a cabo ese mismo año y afecta, principalmente, a la zona de salidas internacionales. También se ampliaron el número de mostradores de facturación y se creó una nueva zona técnica donde se ubica, entre otros servicios, el Centro de Coordinación.