Zwar fingen die Luftfahrtaktivitäten in Almería bereits im Jahre 1911 an und gegen Ende der 1920er Jahre begann die Stadtverwaltung mit dem Bau eines städtischen Flugplatzes, der 1932 eröffnet wurde, doch erst 1947 wurde der erste Versuch unternommen, Almería mit einem Flughafen auszustatten, der die uralte Isolation beheben würde, in der sich die Stadt befand. All dies wurde unterstützt durch die allgemeine Einführung von Fluggesellschaften und die notwendige und bedeutende Rolle, die der Bau eines Flughafens für den Export von landwirtschaftlichen Erzeugnissen haben würde. Die Stadtverwaltung Almería bündelte diese Nachfrage und förderte die Gründung eines gemischten Technikausschusses für den Flughafen Almería im Jahre 1951, an der neben der lokalen Verwaltung das Luftfahrtministerium beteiligt war.
Nachdem diverse Projekte verworfen worden waren, wurde schließlich beschlossen, den Flughafen in dem Gebiet anzulegen, das unter dem Namen Los Albardiales bekannt war. Der entscheidende Impuls war dann die Aufnahme des Projekts in den Generalplan für Flughäfen und Flugrouten 1964-1967. Vorgesehen war der Bau einer Start- und Landebahn sowie eines Vorfelds. Zu Beginn war ein provisorisches Passagierterminal geplant, das im Rahmen eines neuen Bauplans nach 1968 durch ein endgültiges Gebäude ersetzt werden sollte.
Am 6. Februar 1968 wurde in der Gegend, die heute unter dem Namen El Alquián bekannt ist, der neue Flughafen eröffnet. Er war tagsüber - und auf Antrag auch nachts - für nationalen und internationalen Passagier- und Frachtverkehr zugelassen. Die Start- und Landebahn erhielt die Bezeichnung 08-26 und verfügte über zwei Ausfahrtsbahnen, eine parallel zur Piste verlaufende Rollbahn, ein Vorfeld und ein Terminalgebäude. Anfangs wurde der gesamte Passagierverkehr in denselben Räumlichkeiten abgewickelt, später erlaubte eine Umgestaltung des Terminals eine räumliche Trennung nach Passagieren von Inlandflügen und internationalen Flügen.
Der Flugverkehr begann mit der Linie Almería-Madrid, die zwei bis drei mal wöchentlich von Maschinen vom Typ F-27 bedient wurde. Ab April wurde dieser Flug täglich mit Flugzeugen des Typs DC-9 und Caravelle durchgeführt. Ab November wurde ein täglicher Flug nach Murcia und Barcelona eingerichtet, für den eine Convair 440 verwendet wurde. Später folgten Linienverbindungen mit Alicante und Barcelona.
Was den internationalen Verkehr betrifft, so wurde im Juli 1970 die erste Linie eröffnet: Almería-Valencia-Paris; dieser Flug fand jeweils sonntags statt. Die Fluglinie nach Barcelona wurde im Sommer bis Deutschland und im Winter bis England verlängert. 1974 richtete British Airways die Linie Almería-London ein. Im gleichen Sommer wurde der Charterbetrieb aufgenommen, der nach und nach anwuchs. Die üblichsten Anbieter waren dabei die deutschen Fluggesellschaften LTU und Hapag Lloyd sowie die englische Britannia. Im November wurde die Linie nach Melilla in Betrieb genommen.
Das Passagierterminal wurde 1995 umgestaltet. 2002 nahm das neue Frachtterminal seinen Dienst auf.
