Depuis longtemps, les autorités de la ville autonome de Ceuta aspiraient à l'instauration d'une ligne régulière de transport aérien avec l'Espagne péninsulaire. Elles souhaitaient ainsi faire face aux difficultés de communication existantes quand les mauvaises conditions maritimes dans le détroit de Gibraltar empêchaient l'utilisation des ferries qui relient Ceuta à Algésiras.
Pour répondre à cette demande, l'État major de l'armée concéda, en janvier 1996, une autorisation temporaire en vue de l'utilisation civile de ses installations. Le succès que cette initiative remporta au sein de la population civile de Ceuta et le caractère temporaire de l'autorisation motiva la conduite, en janvier 1998, d'une première étude pour l'établissement d'une installation commerciale permanente ouverte au trafic civil. Ce projet fut pris en charge par le Plan d'infrastructures de transport 2000-2007 du ministère de l´Équipement. Ce dernier en octroya la construction et la maintenance à Aena. En juillet 2002, Aena dut modifier ses statuts pour pouvoir élargir ses compétences aux aérodromes, héliports et autres superficies destinées au transport aérien.
Compte tenu de l'impossibilité de construire un aéroport aux environs de Ceuta pour des raisons géographiques, l'héliport s'avérait la meilleure solution. Pour mener ce projet à bien, il était nécessaire de trouver un emplacement approprié. Ce ne fut pas chose facile en raison du manque de terrains dans la ville autonome et de l'importance des zones militaires.
C'est finalement le port de Ceuta qui fut choisi. Les nouvelles installations se trouveraient ainsi aux abords du centre ville, évitant de longs déplacements aux services de transport et aux passagers. Jusqu'alors, l'héliport militaire ne disposant pas de zone d'embarquement, les voyageurs devaient se soumettre aux contrôles dans un espace aménagé à cet effet dans le port, puis être transportés en minibus jusqu'aux installations militaires pour embarquer.
Une fois l'emplacement choisi sur les terrains du port de pêche, il était nécessaire d'adapter la construction de l'héliport civil à la réglementation de l'OACI ; il fut donc indispensable de disposer d'un espace supplémentaire, gagné sur les eaux du port.
Après les négociations opportunes avec les autorités portuaires, les travaux de l'héliport débutèrent en 2000 et s'achevèrent en 2003, bien que, tel que l'indique le Plan d'infrastructures 2000-2007, des travaux d'amélioration se soient poursuivis jusque bien après 2010. L'héliport de Ceuta fut officiellement inauguré par le secrétaire d'État aux Infrastructures, Benigno Blanco, le 9 janvier 2004.
