La puesta en marcha de una línea de transporte aéreo regular con la Península era una vieja aspiración de las autoridades de la ciudad autónoma de Ceuta ante las dificultades de comunicación existentes cuando las condiciones adversas del mar en el estrecho de Gibraltar impiden la utilización de los ferries que enlazan Ceuta con Algeciras.
Atendiendo a esta reclamación, el Estado Mayor del Ejército concedió en enero de 1996 una autorización temporal para el uso civil de sus instalaciones. El éxito que esta iniciativa tuvo entre la población civil ceutí y la temporalidad limitada de la autorización movió a realizar, en enero de 1998, un primer estudio para el establecimiento de una instalación comercial permanente abierta al tráfico civil. Este proyecto fue, a la postre, asumido por el Plan de Infraestructuras de Transporte 2000-2007 del Ministerio de Fomento, el cual adjudicó la construcción y el mantenimiento a Aena, que, en julio de 2002, hubo de modificar sus estatutos para poder ampliar su gestión a aeródromos, helipuertos y demás superficies aptas para el transporte aéreo.
Dada la imposibilidad, por razones orográficas, de emplazar un aeropuerto en los alrededores de Ceuta, la solución se encontró en un helipuerto. Para poder llevar a cabo el proyecto era necesario buscar una ubicación adecuada, algo que no resultó fácil debido a la escasez de suelo en la ciudad autónoma y a la importancia de zonas militares.
Finalmente, se optó por el puerto de Ceuta, de modo que las nuevas instalaciones se situarían en las inmediaciones del casco urbano, evitando los largos desplazamientos de las compañías operadoras y de los pasajeros. Hasta entonces, y debido a que el helipuerto militar no dispone de zona de embarque, los viajeros debían realizar el chequeo en un área habilitada a tal efecto en el puerto, y luego se les trasladaba en furgoneta hasta las instalaciones militares para embarcar.
Una vez elegido el emplazamiento en los terrenos del puerto de pescadores, se planteó la exigencia física de diseñar un helipuerto civil que cumpliera la normativa de la OACI., para lo cual fue preciso disponer de un espacio adicional sobre las aguas del puerto.
Tras la negociación pertinente con las autoridades portuarias, las obras del helipuerto comenzaron en el año 2000 y terminaron en 2003, aunque, tal como establece el Plan de Infraestructuras 2000-2007, las actuaciones de mejora constante continuarán hasta más allá de 2010. El Helipuerto de Ceuta fue oficialmente inaugurado por el secretario de Estado de Infraestructuras, Benigno Blanco, el 9 de enero de 2004.