Die Lage der Insel Fuerteventura auf der Route von Cabo Juby nach Las Palmas und Teneriffa machen sie zum obligatorischen Halt im Rahmen aller Pläne des eingehenden 20. Jh., das spanische Festland auf dem Luftweg mit den kanarischen Inseln zu verbinden. In den dreißiger Jahren richtet die Fluggesellschaft Líneas Aéreas Postales Españolas (LAPE) Landstücke zwischen dem Meer und der Straße nach Tetir als Hilfsfeld für ihre Flüge ein.
1940 wird im Rahmen des Verteidigungsplans der Inselgruppe mit den Bauarbeiten zu einem Militärflughafen im Gemeindebezirk Tefía begonnen. Der Flughafen wird offiziell im Januar 1959 für den nationalen und internationalen Zivilverkehr geöffnet. Die geographische Lage des Flughafens, fern von Puerto de Cabras, dem wichtigsten Punkt der Insel, und der Anstieg gewerblicher Flüge brachten die Frage nach einem neuen Standpunkt für den Flughafen der Insel auf.
Aufgrund der Orographie der Insel wird die Verlegung des Flughafens an einen näher an der Hauptstadt gelegenen Ort überlegt. Schließlich ziehen die Einrichtungen auf ein Gelände um, das sich nur 5 km von Puerto Rosario, in Los Estancos, befindet. 1952 wird der Flughafen in Tefía endgültig für den Flugverkehr geschlossen und der neue Standort eröffnet.
Verlegung nach El Matorral
Das schnelle Anwachsen der Nachfrage und die Probleme der Lage - ständige Windböen - machen einen erneuten Umzug des Flughafens in die Nähe der Küste, in eine Landschaft mit dem Namen El Matorral, erforderlich.
Am 14. September 1969 wird der Flughafen von El Matorral, im Bezirk Puerto del Rosario, offiziell eingeweiht. Das erste Flugzeug, das auf der neuen Bahn landete, war eine Focker 27 der Fluggesellschaft Iberia, die die Strecke Las Palmas-Fuerteventura-Lanzarote abdeckte.
1973 begann der Flughafen El Matorral, seine ersten Flüge in das europäische Ausland mit der Gesellschaft Condor abzuwickeln, die eine direkte Verbindung zwischen Düsseldorf und Puerto del Rosario anbot. In den nachfolgenden Jahren erlebte der Flughafen eine beachtliche Zunahme der Zahl der Abwicklungen, was dazu führte, dass 1978 die erste einer Reihe von Verbesserungen eingeführt wurde, die zu verschiedenen Anlässen umgesetzt wurden, um den Betrieb des Flughafens an die Bedürfnisse der Fluggäste anzupassen.
1992 empfing der Flughäfen mehr als 1.600.000 Passagiere, was eine tiefgreifende Umgestaltung des Terminalbereichs und des Vorfelds erforderlich machte. 1994 wurde mit dem Bau eines neuen Abfertigungsgebäudes, eines Vorfelds, einer parallel zur Startbahn verlaufenden Rollbahn, eines Elektrizitätswerks und einer neuen Zufahrtsstraße begonnen.
Die Bauarbeiten wurden durch den Ausbau des Parkplatzes und eine etwas mehr als 2 km langen Umleitung der Straße von Puerto de Rosario nach Matorral, davon 1,5 km zweispurig, ergänzt.
Mit den neuen Einrichtungen können rund fünf Millionen Fluggäste pro Jahr, mit Spitzenzeiten von an die 3.100 Passagiere pro Stunde, abgefertigt werden.