L'interès del Govern per desenvolupar el correu aeri va fer que, a la darreria de la primera dècada del segle XX, s'estudiés la possibilitat d'establir una línia aèria postal a les Illes Balears. Finalment, l'any 1921, la companyia Aeromarítima Mallorquina s'adjudicà la línia postal Barcelona-Palma, per al servei de la qual utilitzava hidroavions que aterraven al port de Palma. Abans d'iniciar-se la línia, s'havien realitzat vols de prova als camps de Son Sant Joan i Son Bonet, lloc on finalment s'instal·là un aeròdrom particular.
El 1934, es crea la companyia Aero-Taxi de Mallorca amb la finalitat d'organitzar vols turístics a Mallorca. Aquesta companyia inaugura una escola de pilotatge que utilitzava com a lloc de vols l'aeròdrom que hi havia a Son Sant Joan. Un any després, s'instal·la una escola de pilotatge a l'aeròdrom de Son Bonet.
Al maig de 1935, es constitueix la companyia LAPE (Línies Aèries Postals Espanyoles), antecessora d'Iberia. Mesos després, a l'agost, s'inaugura la primera línia regular entre Palma i Madrid, amb escala a València, amb Son Sant Joan com a aeroport. Un any després, se substitueix aquesta línia per la de Palma-Barcelona. Tres anys més tard, Lufthansa i Iberia inauguren línies noves que tenen com a base l'Aeròdrom de Son Bonet, ja que el de Sant Son Joan és utilitzat per l'aviació militar.
El 1954, quan Son Sant Joan encara era una base aèria militar (i Son Bonet, l'aeroport que s'emprava per al trànsit comercial), es va procedir a l'ampliació i a l'asfaltatge de la pista de vol per permetre les operacions dels reactors Sabre F-86, fet que obligà a desviar prèviament la carretera de Palma a Llucmajor. En aquests anys es va construir la plataforma d'estacionament d'aeronaus i el carrer de rodada paral·lel, actuacions que transcorregueren al mateix temps que l'arribada dels primers grans grups de turistes europeus a Son Bonet amb companyies com BEA, Air France i Aviaco.
Son Sant Joan, aeroport comercial de Palma
L'augment del trànsit i la impossibilitat d'ampliació de l'Aeroport de Son Bonet van fer que els redactors del Pla Nacional d'Aeroports de 1958 proposessin la construcció d'un gran aeroport comercial a la base aèria de Son Sant Joan. La Junta Nacional d'Aeroports aprovà aquestes obres dins del programa nacional d'inversions i, per ordre ministerial de 29 de juliol de 1959, autoritzà el trasllat del trànsit comercial de Son Bonet a Son Sant Joan. El 1958, es va procedir a instal·lar un VOR a l'illa i un centre de comunicacions VHF a Son Sant Joan mateix, alhora que es publicaren les servituds aeronàutiques de Son Bonet.
Per atendre els vols comercials, es va construir a Son Sant Joan una terminal provisional de passatgers i una plataforma d'estacionament d'aeronaus, independent de la plataforma militar. Una ordre de 7 de juliol de 1960 obrí al trànsit nacional i internacional l'Aeroport de Son Sant Joan, que quedà classificat com de primera categoria administrativa.
Dues setmanes escasses després de l'obertura al trànsit, el 21 de juliol, es declarà d'utilitat pública i d'urgència la necessària ampliació de l'aeròdrom. Les obres d'ampliació de la pista de vol es van iniciar l'estiu de 1961 i van anar acompanyades d'un carrer de rodada paral·lel A la fi d'aquest mateix any i a principi del següent, s'iniciaren les obres de la central elèctrica, del centre de comunicacions i de la zona de salvament i contra incendis.
Consolidació de l'aeroport
El Pla d'Aeroports 1964-67 prestà especial atenció a Palma, aeroport que a partir del 1962 superà el milió de passatgers anuals. El projecte va contemplar l'ampliació de la pista, una nova ampliació de l'estacionament que permetés atendre les 28 aeronaus de tipus mig, un edifici terminal per a més de cinc milions de passatgers i totes les obres i instal·lacions complementàries d'abalisement, comunicacions i ajudes a la navegació, amb un pressupost total de gairebé cinc-cents milions de pessetes.
A l'estiu de 1965, s'iniciaren les obres de la nova terminal de passatgers (la terminal A) i, a la fi de l'any següent, es complementaren els serveis de navegació aèria amb la instal·lació d'un radar de vigilància.
L'inusitat creixement del trànsit, que el 1965 ja superava els dos milions de passatgers l'any, aconsellà la construcció d'una altra terminal per atendre els vols no regulars, alhora que s'iniciaren els estudis per construir una segona pista de vol paral·lela a la que ja hi havia. A la darreria de l'any 1970, s'iniciaren les obres d'aquesta segona pista i, a principi de l'any següent, les de l'estació modular per al trànsit no regular, així com un nou estacionament d'aeronaus davant d'aquesta terminal. Aquestes obres van concloure el 1972, any en què entrà en servei la denominada terminal B. Les obres de la segona pista de vol van continuar durant els dos anys següents, amb la seva ampliació i el reforç del ferm per a aeronaus de fins a 450 tones.
Creixement continuat
Al llarg de la dècada dels vuitanta, l'augment del trànsit de passatgers va ser la tendència a Palma. D'una mica més de set milions de passatgers el 1980, es passà als gairebé deu milions el 1986, i ja se superaven els quinze milions al 1995. Aquest creixement permanent obligà a plantejar de nou una profunda remodelació de l'àrea terminal de l'aeroport. Les necessàries obres del nou complex Aeroportuari de Son Sant Joan s'iniciaren a mitjan 1993, amb una inversió prevista de més de 40.000 milions de pessetes en els tres anys següents. Cal destacar-ne, entre d'altres, l'ampliació de la plataforma d'aeronaus, la xarxa de sanejament i aigua potable i, sobretot, el nou edifici terminal.
El nou edifici terminal, inaugurat el 1997, va ser dissenyat per l'arquitecte mallorquí Pere Nicolau Bonet. Des del vestíbul de facturació s'accedeix a la planta superior de sortides, on es distribueixen les sales de preembarcament. A la planta superior, hi ha les oficines de les companyies aèries i a la planta baixa de l'edifici, l'àrea d'arribades. Davant la terminal de passatgers, se situa un gran edifici per a aparcaments.
Mòdul interilles
A l'abril de 2003, s'inaugurà l'edifici d'embarcament de vols interilles, especialment destinat als passatgers de vols regionals o de curta distància.
L'edifici consta de dues grans cobertes unides per una lluerna que se situen sobre un gran vestíbul.
La planta baixa s'ha destinat a la zona d'embarcament de passatgers. A la planta alta, un balcó-mirador que dona al vestíbul, s'hi accedeix des de la zona de facturació de la terminal principal a través d'una passarel·la que uneix ambdós edificis.
La planta superior compta amb una àmplia cafeteria a l'àrea d'espera prèvia a l'embarcament i a la planta baixa es troben la zona comercial i les oficines de les companyies aèries.
També s'ha engegat un edifici per a l'Aviació General. La nova construcció disposa de tots els serveis necessaris per a empreses i passatgers de vols privats, avions de càrrega i aerotaxis.
Aquestes darreres actuacions a les infraestructures de l'Aeroport de Palma han permès que Son Sant Joan s'endinsi al nou segle XXI com un dels aeroports més moderns del món i amb una capacitat demostrada per atendre a més de 20 milions de passatgers.