La intensa activitat aeronàutica de Barcelona a principis de segle dona lloc a nombrosos vols a tot Catalunya. El primer vol a Girona té lloc el 3 de novembre de 1913, al qual en seguiran d’altres els anys 1920, 1923, 1928 i 1930.
El 1931 es constitueix l'Aeronàutic Club Empordanès, que amb l'ajuda de l'ajuntament inaugura l'aeròdrom de Figueres. El 1932 es constitueix l'Aeronàutic Club Cerdanya, que utilitzarà per a les seves activitats un aeròdrom construït a Puigcerdà.
Els serveis d'Aeronàutica de Catalunya fomenten l'establiment de rutes aèries d’interès turístic pels Pirineus i la Costa Brava. Com a capçalera de l'àrea pirinenca el 1934 s'inaugura a Puigcerdà l'aeròdrom Cerdanya. La supressió el 1939 del govern català paralitza el desenvolupament dels aeròdroms gironins, que durant la Guerra Civil arriben a ser fins a set, després d'això desapareixen tots excepte el de Banyoles.
Nou aeroport
El 1957, la Diputació Provincial inicia les gestions per establir un aeroport a la província. S'optarà pels terrenys situats als termes municipals d'Aiguaviva i Vilobí d’Onyar, deu quilòmetres al sud de Girona. El 1965 el nou aeroport compta amb una pista de 2.200 per 45 metres i un estacionament per a nou aeronaus de tipus mitjà, i passa a anomenar-se Aeroport de Girona-Costa Brava. Posteriorment s’hi realitzen les obres de la central elèctrica, la torre de control, el centre d'emissors i l’edifici de la terminal de passatgers, de 2.600 metres quadrats en una sola planta. A més, es completa amb un carrer de rodada paral·lel a la pista i carrers de sortida ràpida.
Al febrer de 1966 es publiquen les servituds de l'aeroport i s'aprova l'ampliació de la pista de vol en 200 metres, així com diverses obres auxiliars i complementàries. El 3 de març de 1967, l'Aeroport de Girona-Costa Brava s'obre al trànsit aeri civil nacional i internacional de passatgers i mercaderies. L'aeroport passa a ser considerat com de primera categoria administrativa.
El 1969 s'amplia l'estacionament d'aeronaus i es prolonga el carrer de rodada fins a les capçaleres de la pista de vol. Aquell mateix any, a causa del creixement del trànsit, s’emprèn la construcció d'un nou edifici terminal, l'ampliació de la plataforma d'estacionament i un carrer de sortida ràpida, que s'inauguren el 1972. El 1975, l'aeroport es tanca al trànsit per fer-ne l’ampliació de la pista de vol i la seva adaptació a les necessitats dels grans reactors. També es fan les obres d'ampliació de l'estacionament d'avions i es construeix l'edifici de salvament i extinció d'incendis.
Durant la dècada del 1970 l'aeroport va experimentar un apogeu en el trànsit de passatgers, sobretot a causa dels vols xàrter d'estiu. A partir de 1978 es van reorientar els vols regulars cap a Barcelona i els turístics cap a altres destinacions de la Mediterrània, amb la qual cosa, sobretot, des de 1983, any en el que es van assolir els 830.000 passatgers, van decréixer les xifres de trànsit. Des de 2003, a causa de l’arribada de companyies de baix cost a l’aeroport gironí, està experimentant un creixement espectacular que l’ha portat a superar els tres milions i mig de passatgers el 2006.
