La intensa actividad aeronáutica de Barcelona a principios de siglo va a dar lugar a numerosos vuelos en toda Cataluña. El primer vuelo en Girona tiene lugar el 3 de noviembre de 1913, al que seguirán otros en 1920, 1923, 1928 y 1930.
En 1931 se constituye el Aeronáutic Club Empordanés, que con la ayuda del ayuntamiento inaugura el aeródromo de Figueras. En 1932 se constituye el Aeronáutic Club Cerdanya, que utilizará para sus actividades un aeródromo construido en Puigcerdá.
Los servicios de Aeronáutica de Cataluña fomentan el establecimiento de rutas aéreas de interés turístico por los Pirineos y la Costa Brava. Como cabecera del área pirenaica se inaugura en 1934 en Puigcerdá el aeródromo Cerdanya. La supresión en 1939 del gobierno catalán paralizará el desarrollo de los aeródromos gerundenses, que durante la guerra civil llegan a ser hasta siete, tras lo que desaparecerían todos excepto el situado en Banyoles.
Nuevo aeropuerto
En 1957, la Diputación Provincial inicia las gestiones para establecer un aeropuerto en la provincia. Se optará por los terrenos situados en los términos municipales de Aiguaviva y Vilobí d'Onyar, diez kilómetros al sur de Girona. En 1965 el nuevo aeropuerto cuenta con una pista de 2.200 por 45 metros y un estacionamiento para nueve aeronaves de tipo medio, denominándose Aeropuerto de Gerona - Costa Brava. Posteriormente se realizan las obras de la central eléctrica, torre de control, centro de emisores y edificio terminal de pasajeros, de 2.600 metros cuadrados en una sola planta. Además, se completa con una calle de rodaje paralela a la pista y calles de salida rápida.
En febrero de 1966 se publican las servidumbres del aeropuerto y se aprueba la ampliación de la pista de vuelo en 200 metros, así como obras auxiliares y complementarias. El 3 de marzo de 1967 se abre al tráfico aéreo civil nacional e internacional de pasajeros y mercancías el Aeropuerto de Gerona - Costa Brava. El aeropuerto pasa a ser considerado como de primera categoría administrativa.
En 1969 se amplía el estacionamiento de aeronaves y se prolonga la calle de rodaje hasta las cabeceras de la pista de vuelo. Ese mismo año, debido al crecimiento del tráfico, se acomete la construcción de un nuevo edificio terminal, la ampliación de la plataforma de estacionamiento y una calle de salida rápida, que se inaugurarían en 1972. En 1975, el aeropuerto se cierra al tráfico para proceder al recrecido de la pista de vuelo y su adaptación a las necesidades de los grandes reactores. También se realizan obras de ampliación del estacionamiento de aviones y se construye el edificio de salvamento y extinción de incendios.
En la década de 1970 el aeropuerto experimentó un auge en el tráfico de pasajeros, debido sobre todo a los vuelos chárter veraniegos. A partir de 1978 se reorientaron los vuelos regulares hacia Barcelona y los turísticos hacia otros destinos del Mediterráneo, con lo que, sobre todo, desde 1983, año en el que se alcanzaron los 830.000 pasajeros, decrecieron las cifras de tráfico. Desde 2003, debido a la llegada de compañías de bajo coste al aeropuerto gerundense, está experimentando un crecimiento espectacular que le ha llevado a superar los tres millones y medio de pasajeros en 2006.