A principios de la década de 1910, la provincia de Gipuzkoa disponía de dos campos de aviación –Ondarreta y Lasarte– a los que había que añadir la bahía de San Sebastián, apta para su utilización por hidroaviones. En 1920, un grupo de entusiastas de la villa de Irún propone al Ministerio de Fomento la construcción de un aeropuerto en esta localidad. El lugar elegido es el denominado Playaundi, en la desembocadura del río Bidasoa, de unas dimensiones de 800 por 400 metros.
Durante la década de 1920, se autoriza el establecimiento de distintas líneas aéreas por el Ministerio de Fomento: en 1922, la línea San Sebastián-Madrid; en 1924, la San Sebastián-Canarias y, en 1926, la San Sebastián-Tenerife.
El Plan de Aeropuertos Nacionales de 1929 recoge la conveniencia de contar con un aeródromo fronterizo cerca de Irún y de San Sebastián. El Ayuntamiento de Irún, la Diputación Provincial y el Ayuntamiento de San Sebastián ofrecen los terrenos de Playaundi para ubicar el aeropuerto, así como ayuda económica para ejecutar las obras. En diciembre de 1931, debido a las dificultades técnicas y económicas para construir el aeropuerto, éste pierde la calificación de aeropuerto nacional. Las gestiones se paralizan y, en septiembre de 1934, la Junta del Aeropuerto de Irún se disuelve.
En la década de 1950, el desarrollo del transporte aéreo en España hace pensar de nuevo en la necesidad de un aeropuerto en Gipuzkoa. En 1952, realizados los proyectos necesarios, se declara de urgencia la ejecución de las obras para la construcción de un aeropuerto en el estuario del Bidasoa, en el municipio de Fuenterrabía.
Inauguración y apertura al tráfico
El 22 de agosto de 1955, se inaugura el aeropuerto y, el 29 de agosto, se abre oficialmente al tráfico nacional completo e internacional de turismo, al igual que a las escalas técnicas. La compañía Aviaco inicia sus vuelos regulares cuatro días después. Cuenta con una pista 05-23 de 1200 metros de longitud. Sin embargo, las operaciones por la pista 23 obligan a sobrevolar territorio francés, lo que provoca la inmediata protesta de este gobierno. Por otra parte, la falta de instalaciones del aeropuerto obliga a acondicionar como terminal de pasajeros una fábrica de conservas cercana.
En julio de 1957, se reúnen las delegaciones de España y Francia para establecer un acuerdo de límites para la explotación del aeropuerto de Fuenterrabía. El acuerdo permite establecer las servidumbres aeronáuticas en junio de 1959, pero impone la prohibición de usar el aeropuerto por parte de los aviones a reacción.
En julio de 1961, se concluyen las obras de ampliación de la pista, que pasa a tener 1500 metros de longitud. En mayo de 1963, el aeropuerto recibe la calificación de aeropuerto aduanero. Entre 1964 y 1965, se construye la torre de control, se amplía el estacionamiento de aeronaves y pasa a denominarse oficialmente Aeropuerto de San Sebastián. En 1967, se inician las obras del edificio terminal y su urbanización, que se inauguran en junio de 1968. En diciembre de 1969, el aeropuerto se cierra al tráfico para proceder al recrecido de la pista de vuelo y a su alargamiento hasta los actuales 1754 metros.
El 18 de marzo de 1992, se firma un nuevo acuerdo entre España y Francia sobre el uso del Aeropuerto de San Sebastián por el que se elimina la prohibición de utilización del aeropuerto por aviones reactores. Se establece así un cupo máximo diario, fuera del horario nocturno, de doce movimientos de aeronaves tipo MD-88 y doce del tipo BAE-146.
En julio de 1996, entra en servicio el VOR/DME, situado a 5,07 kilómetros del umbral 04, con identificador SSN. En agosto de 1997, entra en servicio un nuevo NDB/DME, situado en rumbo 355 a 2,7 kilómetros del umbral 22, con indicativo HIG.
