En 1923 las autoridades de Logroño mantienen diversos contactos con el general Echagüe –director general de Aeronáutica– que cuajan en la instalación de una base aérea secundaria. Tras visitar diversos terrenos, una comisión militar decide ubicar la base en los terrenos conocidos como Recajo, unos diez kilómetros al este de Logroño. Las obras comienzan en 1924 y el 3 de septiembre dos aeroplanos De Havilland vuelan a Logroño para comprobar la operatividad del campo. La inauguración oficial tiene lugar el 30 de julio de 1928.
Este aeródromo cuenta con un campo de vuelos de 1000 por 600 metros y es calificado como aeródromo militar habilitado provisionalmente como aeropuerto civil. En 1929 se instala en Logroño una dotación de 16 aeroplanos De Havilland de reconocimiento. En el mes de marzo se abre a la navegación y tráfico aéreo oficial y particular, de acuerdo con las instrucciones para la organización de los servicios de navegación aérea comercial en los aeródromos militares.
El 5 de febrero de 1932 se cambia el nombre de aeródromo de Recajo por el de aeródromo de Agoncillo. Este año se funda el Aeroclub de Logroño, que inicialmente va a utilizar para sus actividades un campo de aviación situado en los terrenos de Prado Viejo, donde permanecerá hasta el 20 de diciembre de 1948, fecha en la que se traslada al aeródromo de Agoncillo.
En 1936 tenía su base en el aeródromo el grupo 23 de reconocimiento y en 1938 se instala el Parque Regional de Levante, dedicado a la reparación de aviones, motores y equipos; en 1939, este parque adopta el nombre de Maestranza Aérea de Logroño, que estará en funcionamiento hasta la década de los 50.
Apertura al tráfico civil
El aeródromo de Agoncillo se abre nuevamente al tráfico aéreo civil, nacional completo e internacional de turismo y escalas técnicas del tráfico comercial, en julio de 1946. El campo tiene una extensión de 1500 por 700 metros de terreno natural y una pista con designación 11-29, de 1500 por 40 metros. En 1950, Agoncillo pasa a ser clasificado como base militar abierta al tráfico civil, de clase B y horario de utilización diurna. Para la aproximación, cuenta con un radiofaro y un gonio situado en el borde este del campo de vuelos. Para las maniobras de aterrizaje se declaran operativas tres franjas de vuelo: 13-31, de 2100 metros, 90-27, de 1950 metros, y 17-35, de 1500 metros.
Desde finales del decenio de 1960 la actividad aérea languidece, con la excepción de los escasos vuelos del aeroclub. En los años ochenta experimenta cierta reactivación, ya que Agoncillo comienza a ser utilizado por helicópteros de la Guardia Civil y del Ejército de Tierra. Por este motivo, en 1994 sus instalaciones son traspasadas a dicho ejército, y en ellas se establecen las Fuerzas Aeromóviles del Ejército de Tierra (FAMET).
Desde 1996, el Gobierno de La Rioja, animado por las experiencias de León o Burgos, emprende diversas acciones para convertir Agoncillo en el Aeropuerto de Logroño. Tras la redacción del Plan Director y de diversos proyectos, el BOE publica el 21 de septiembre de 1998 una resolución del secretario de Estado de Infraestructuras y Transportes por la que se declara al Aeropuerto de Logroño-Agoncillo aeropuerto de interés general, reservándose el Estado su gestión directa. En mayo de 2003 se inaugura el nuevo conjunto de instalaciones del aeropuerto: edificio terminal de pasajeros, de 4.000 metros cuadrados; edificio multiservicios; campo de vuelos compuesto por pista de 2.000 metros de longitud, plataforma y balizamiento; torre de control; y aparcamiento de vehículos.