L'intense activité aéronautique de Barcelone au début du siècle a donné lieu à de nombreux vols dans toute la Catalogne. Le premier vol effectué à Gérone a eu lieu le 3 novembre 1913, suivis par d'autres en 1920, 1923, 1928 et 1930.
L'Aeronáutic Club Empordanés est créé en 1931 et inaugure l'aérodrome de Figueras, en partenariat avec la mairie. En 1932, l'Aeronáutic Club Cerdanya voit le jour. Il utilise un aérodrome construit à Puigcerdá pour ses activités.
Les services d'Aeronáutica de Cataluña contribuent à la création de lignes aériennes à caractère touristique vers les Pyrénées et la Costa Brava. En tant que chef-lieu de la zone pyrénéenne, l'aérodrome Cerdanya est inauguré à Puigcerdá en 1934. La suppression du gouvernement catalan en 1939 paralyse le développement des aérodromes de la province. Au nombre de sept pendant la guerre civile, ils disparaissent tous à l'exception de celui situé à Banyoles.
Nouvel aéroport
En 1957, l'administration provinciale entreprend les démarches nécessaires pour la construction d'un aéroport dans la province. Les terrains choisis sont situés sur les communes d'Aiguaviva et Vilobí d'Onyar, à dix kilomètres au sud de Gérone. Le nouvel aéroport, baptisé aéroport de Gerona - Costa Brava, ouvre ses portes en 1965, avec une piste de 2 200 mètres de long sur 45 mètres de large et une aire de stationnement pouvant accueillir neuf avions de taille moyenne. Les travaux effectués par la suite le dotent d'une centrale électrique, d'une tour de contrôle, d'un centre de communications et d'un terminal de passagers d'une surface de 2 600 mètres carrés sur un seul niveau. A ces installations s'ajoutent une voie de circulation parallèle à la piste et des voies de sortie rapide de piste.
Le plan de servitudes de l'aéroport est publié et l'agrandissement de la piste d'envol sur 200 mètres est approuvé en février 1966, tout comme la réalisation de travaux auxiliaires et complémentaires. Le 3 mars 1967, l'Aéroport de Gérone - Costa Brava ouvre ses portes au trafic aérien civil national et international de passagers et de fret. Il est désormais considéré comme un aéroport de première catégorie.
En 1969, l'aire de stationnement des avions fait l'objet d'un agrandissement et la piste de roulage est prolongée jusqu'aux extrémités de la piste d'envol. La même année, l'augmentation du trafic aérien oblige à entreprendre la construction d'un nouveau terminal, l'agrandissement de l'aire de stationnement et la construction d'une sortie rapide de piste. Ces travaux prennent fin en 1972. En 1975, l'aéroport est fermé au trafic aérien pour procéder à l'agrandissement de la piste d'envol et son adaptation aux besoins des grands réacteurs. Des travaux d'agrandissement de l'aire de stationnement des avions et de construction du bâtiment destiné aux services de sauvetage et d'incendie sont également entrepris.
Dans les années 70, l'aéroport connaît une forte croissance du transport de passagers, notamment en raison des vols charter pendant la saison estivale. À partir de 1978, les vols réguliers sont orientés vers Barcelone et les vols touristiques vers d'autres destinations du bassin méditerranéen. Ce changement entraîne une baisse significative du trafic, notamment à partir de 1983, année au cours de laquelle l'aéroport a accueilli 830 000 passagers. Depuis 2003 et en raison de l'arrivée de compagnies à bas prix, l'aéroport a enregistré une croissance spectaculaire, atteignant le chiffre de trois millions et demi de voyageurs en 2006.